handdator

Visa fullständig version : Fler kemi/biomedicin frågor


tessi
2004-10-26, 19:44
Nu har jag problem igen...
Hur gör man för att extrahera vävnad? Jag vet att ett sätt är att ta sönder cellerna genom att frysa och tina flera gånger. Hur kan man annars göra?

Sverker
2004-10-26, 20:27
Vilken vävnad ? Lever, njure, muskel ?


Vad skall du ta fram ? Enzymer ? DNA ?

Finns höghastighetskvarnar, 20 000 rpm med en spaltbredd mindre än en cell men stor nog för att inte mosa mitokondrierna.

Centrifugera, i kylcentrifug, ned cellrester och annat skräp och ta tillvara supernatanten= extraktet ?

tessi
2004-10-26, 21:43
Jag läser en artikel där de ska extrahera mucosa (slemhinna?).
Det är Cathepsin aktiviteten som ska undersökas.
I avsnittet om extraktionen av vävnaden så står det att de använde E-64 men det har väl ingenting med extraktionen att göra. Används det inte för att inaktivera enzym ( i detta fall Cathepsin)

Styx
2004-10-26, 21:45
Tja...extrahera vävnad kan man ju göra på många sätt. Förstår heller inte riktigt vad du tänkt göra?
Vad ska du ha den extraherade vävnaden till? Låter som att du är ute efter något i cellerna eftersom du pratar om att ta sönder cellerna? Men då handlar det ju inte om att extrahera vävnad längre.
Det sättet du beskriver för att ta sönder cellerna kallas ibland freeze-thawing,
vanligast är annars att man använder nåt recept för en lyseringsbuffer. Dessa innehåller reagens som lyserar cellerna och ofta även proteasinhibitorer och annat som hjälper till att hindra cellkomponenterna från att brytas ner (eller proteinerna från att denatureras).
Eller menar du att göra en biopsi (extrahera vävnad)?
Eller göra ett mikroskopi-preparat?

Styx
2004-10-26, 21:51
Jag läser en artikel där de ska extrahera mucosa (slemhinna?).
Det är Cathepsin aktiviteten som ska undersökas.
I avsnittet om extraktionen av vävnaden så står det att de använde E-64 men det har väl ingenting med extraktionen att göra. Används det inte för att inaktivera enzym ( i detta fall Cathepsin)

Ok,
Cathepsin är ett proteas, i den situation jag stött på det är att det är involverat i att förbereda antigen i cellers endosomer för laddning på MHC typ II molekyl.
Mukosa är slemhinna, ja.
Vet inte vad E-64 är, men kan försöka ta reda på det :).

Styx
2004-10-26, 21:54
Men förresten :).
Jag har ju nästan redan svarat på det,
om E-64 är en proteasinhibitor som du skriver är det ingen dum idé att använda det för att inhibera cathepsin som är just ett proteas. Som jag tidigare skrev är det ju bra vid extraktion att inhibera proteas så de inte går lös på alla cellrester. Studera dess aktivitet antar jag att de vill göra under mer kontrollerade former.

LunaSpice
2004-10-30, 10:25
Biopsier tycker jag borde vara ett enkelt sätt. ;)

tessi
2004-11-04, 13:24
Nu har jag fler problem... Enzym aktiviteten i prov ska mätas med hjälp av en fluorometer. Jag antar att en fluorometer mäter flouroscerande strålning men hur fungerar det? Mäter man vid flera våglängder?

jojje.net
2004-11-04, 13:35
Oftast räcker det med en våglängd... 490 nm är rätt vanligt men beror ju på vad du använder för fluoroserande ämne.

tessi
2004-11-04, 13:56
Substrat som användes innehåller arg-arg-MCA
MCA = 4-metylcoumaryl-7-amide. Som jag förstår så om enzymet spjälkar substartet så utsändes fluoroscerande ljus. Tror inte någon annan sluoeoscent är tillsatt.

Hur fungerarsjälva apparaten? Mäter man på plattor typ ELISA eller i kyvetter?

Styx
2004-11-04, 14:11
Det finns ju flera apparater man kan använda, vanligt är ju dock att använda en sån som passar för 96-håls plattor, alltså det du menar med ELISA-plattor.
Då har man ju gott brunnar där man kan låta reaktioner gå. Men då tror jag mer man mäter absorbans och inte själva fluorescensen. Man mäter alltså ex hur mycket ljus av viss våglängd som absorberas, optisk densitet.
För fluorecens innebär det ju ofta att man bestrålar en kyvett med en kort ljuspuls av viss våglängd, fluorescensen är sen den strålning som kommer tillbaka från ämnet med en fördröjning på nån nanosekund. Man exciterar elektroner hos ämnet och när relaxation sedan sker skickas ljus ut av en annan våglängd.
Men om substratet avger ljus av sig tror jag nog ni kör i 96-håls plattor istället för nån kyvett.

Berätta gärna mer vad exakt ni ska göra?
Vad pluggar du för nåt?

Sverker
2004-11-04, 14:13
Själv är jag " Wow en ny apparat på labbet, på den bara " i första läget. efter en stund blir det " hmm....var f-n är manualen ".

Läs manualen.

Hittade snabbt denna sida:

http://www.jbc.org/cgi/content/full/278/34/32292

Här sitter den fluoricerande molekylen på en annan peptid men den belyses vid 380 nm och skickar tillbaka ljus vid 460 nm.

Gissar att du också ligger nära de våglängderna.

Styx
2004-11-04, 14:29
Letade lite på MCA på nätet.
Ett fluorescerande ämne är fäst på en kort peptid och klyvning av ett peptidase på ett visst ställe frigör det substrat som fluoroscerar vid belysning av viss våglängd. I texten jag läste var det 350nm för att excitera och då kom fluorescensen på 460nm.
Jag är ganska säker på att ni använder kyvetter i fluoroscensmaskiner då. Den måste kalibreras (nollas) mot en kyvett med tex bara substratet. Sen gissar jag att ni tillsätter enzym med detta substrat och låter reaktionen gå samtidigt som ni mäter fluorescens vid olika tidpunkter.

tessi
2004-11-04, 14:51
Det finns ju flera apparater man kan använda, vanligt är ju dock att använda en sån som passar för 96-håls plattor, alltså det du menar med ELISA-plattor.
Då har man ju gott brunnar där man kan låta reaktioner gå. Men då tror jag mer man mäter absorbans och inte själva fluorescensen. Man mäter alltså ex hur mycket ljus av viss våglängd som absorberas, optisk densitet.
För fluorecens innebär det ju ofta att man bestrålar en kyvett med en kort ljuspuls av viss våglängd, fluorescensen är sen den strålning som kommer tillbaka från ämnet med en fördröjning på nån nanosekund. Man exciterar elektroner hos ämnet och när relaxation sedan sker skickas ljus ut av en annan våglängd.
Men om substratet avger ljus av sig tror jag nog ni kör i 96-håls plattor istället för nån kyvett.

Berätta gärna mer vad exakt ni ska göra?
Vad pluggar du för nåt?

Detta handlar om en artikel som jag ske redovisa där de ska rena fram och karaktisera ett endoproteas. http://www.jbc.org/cgi/content/full/270/14/7809

Jag ska alltså inte göra detta själv men hade aldrig tidigare hört om en fluorometer och blev nyfiken.

Jag läser till biomedicinsk analytiker. Vad läser du som verkar kunna lite av varje inom kemi o medicin??

Styx
2004-11-04, 16:08
Ok, jag läser biomedicinprogrammet, nåt som många förväxlar med biomedicinsk analytiker fastän skillnaden faktiskt är ganska stor. :)
Kursmässigt är det en blandning mellan läkarprogrammet och molekylärbiologiprogrammet brukar jag säga.

Hoppas du fick svar på dina frågor angående artikeln, bara fråga på annars, kul att försöka hjälpa till. :)

tessi
2004-11-04, 16:38
Vad skoj! Var läser du någonstans?
Jag har tolkat artikeln så gott jag kunnat förstår inte allt men har "hittat på" lite som jag tror det är. Får väl hoppas att läraren stoppar mig om jag är helt fel ute...

Inte många som vet vad biomedicinsk analytiker är för något när de frågar vad jag läser...

Styx
2004-11-04, 17:52
Jag läser i Umeå,
du?
Gott om jobb har ni iaf när ni går ut.

tessi
2004-11-04, 18:20
Jag läser i Malmö. Är det verkligen så gott om jobb? Jag har hört det hela tiden innan men nu är det ju bara en massa indragnngar överallt...
Hur é det för dig när du é klar? Finns det gott om jobb?

tessi
2004-11-04, 19:13
Du verkar möjligtvis inte veta hur en refraktometer fungerar? Överallt där jag läst om refraktimeterar så mäter de brytningsindex/koncentrationer men i den här artikeln används de för att mäta densitet. Jag ser inget samband mellan brytningsindex och densitet...

Styx
2004-11-04, 22:23
Vad jag hört förr är iaf att det finns ganska bra med jobb för er. Många som ska pensioneras snart.
Tror att vi kan få jobb som biomedicinsk analytiker också men det är ju inte riktigt det som är tänkt med vår utbildning. Eftersom det är en ganska forskningsinriktat utbildning så blir det väl det som gäller för de flesta efter examen, att doktorera alltså.

Har aldrig använt en refraktometer men om densiteten (koncentrationen) ökar i en lösning ökar refraktionsindex (vätskan blir "tätare") så då kan man väl relatera koncentrationen på så vis. Genom att se hur refraktionsindex förändras för en lösning och ev. jämföra med en standardkurva som man gjort utifrån prover med kända densiteter.
Densitet hör ju ihop med koncentration.

Wain
2004-11-04, 23:16
Blah, lika bra att ni blir lab. ass. så att vi "riktiga" biotekniker får mer jobb.
:notme:

Spinkis
2011-11-29, 20:53
Bûmp
Renodlad kemifråga: Handlar om reduktion/oxidation
Jag får inte till det!:/
MnO4- + CH2=CH2 --> MnO2 + CH2(OH)CH2(OH)

Jens.Andersson
2011-11-29, 21:25
Bûmp
Renodlad kemifråga: Handlar om reduktion/oxidation
Jag får inte till det!:/
MnO4- + CH2=CH2 --> MnO2 + CH2(OH)CH2(OH)

Utförs det under sura eller basiska förhållanden?

Spinkis
2011-11-29, 21:37
Utförs det under sura eller basiska förhållanden?

förbryt mig förbryt mig! Basiskt(alkaliskt)!

Jens.Andersson
2011-11-29, 21:38
Såg nu att du skrev MnO2 vilket betyder basiskt. C går från -2 till -1 och Mn går
från 7 till 4.

3CH2=CH2 + 2MnO4- + 4H2O -> 3CH2OH-CH2OH + 2MnO2 + 2OH-

fiskebulle
2011-11-29, 22:09
Hah, jag skulle inte gått in i den här tråden. Nu känner jag att en depression pga. dumhet är på intåg. :(

Spinkis
2011-11-29, 22:28
Såg nu att du skrev MnO2 vilket betyder basiskt. C går från -2 till -1 och Mn går
från 7 till 4.

3CH2=CH2 + 2MnO4- + 4H2O -> 3CH2OH-CH2OH + 2MnO2 + 2OH-
ett facit har jag så jag vet svaret! :P Jag vill veta lite mer om hur C går från -2 till -1, vilka C tittar du på/sätter ut OT?

Jens.Andersson
2011-11-30, 00:02
ett facit har jag så jag vet svaret! :P Jag vill veta lite mer om hur C går från -2 till -1, vilka C tittar du på/sätter ut OT?

H på kol är alltid protoner och har laddning +1, eftersom det är 2 väten och kolet
är oladdat måste kolet vara -2 för att balansera upp. Syre är i stort sett alltid
-2. Den har ett väte på sig, så den har -1 när den sitter på kolet efter reaktionen
så den får alltså 2 + (-1) = +1 från substituenter och måste då ha formell laddning
-1.

Spinkis
2011-11-30, 06:40
Tackar tackar

Sverker
2011-11-30, 07:19
Bûmp
Renodlad kemifråga: Handlar om reduktion/oxidation
Jag får inte till det!:/
MnO4- + CH2=CH2 --> MnO2 + CH2(OH)CH2(OH)


Du oxiderar etengas till glykol:confused: Genom att använda permanganat:confused: Ytterst teoretiskt.:D

Spinkis
2011-11-30, 17:29
Jag och jag! :P
Hur som helst hjälpte det mig att klara en liknande fråga på duggan idag! :D

Dakke
2011-11-30, 17:55
Spinkis, vilken nivå kemi är det där?

Spinkis
2011-11-30, 18:23
Allmän Kemi, universitet/högskola!
Är första kemikursen så det är ganska mycket repetition från gymnasiet.

Fartman
2011-11-30, 20:05
Åh, det där brukade jag vara kung på. Nu fyra år senare så hade jag inte en suck :(

Halldin
2011-11-30, 20:09
Organisk kemi var inget favoritämne men jag kom ihåg tillräckligt mycket för att googla fram en bild på hur reaktionen går till på ett ungefär:

http://www.cdch.de/demos/imgs/ene3f.gif

Sverker
2011-12-01, 06:59
Hur ser reaktionen ut ?

Eten är en gas vilket gör att det måste finnas ett övertryck i reaktorn. Glykol och permanganat är lösliga i vatten så jag gissar att det behövs en aktiv yta för att de ska mötas, typ aktivt kol eller järnpulver.

Halldin
2011-12-01, 07:51
Gick visst inte att img-tagga den, testa om du ser den här http://www.cdch.de/demos/imgs/ene3f.gif

Jens.Andersson
2011-12-01, 09:10
Hur ser reaktionen ut ?

Eten är en gas vilket gör att det måste finnas ett övertryck i reaktorn. Glykol och permanganat är lösliga i vatten så jag gissar att det behövs en aktiv yta för att de ska mötas, typ aktivt kol eller järnpulver.

Finns flera metallorganiska komplex som binder till eten och kan möjliggöra
en sådan reaktion. Problemet blir väl kanske att KMnO4 gärna oxiderar allt
den kommer i kontakt med och därmed förstör komplexet.

Sverker
2011-12-01, 18:19
Typiskt stolpskottet Sverker att skriva järnpulver som katalysator i en redoxreaktion. Skriver fortare än jag tänker*screwy*

Det hade blivit en hög med rost i provröret med mitt recept:D

Spinkis
2011-12-05, 17:31
Finns det någon motsvarighet för kemi till matematikens Khan Academy och PatrickJMT? Alltså lite YT filmer som pedagogiskt går igenom vissa kapitel och kemiska fenomen?

Halldin
2011-12-05, 18:30
Finns det någon motsvarighet för kemi till matematikens Khan Academy och PatrickJMT? Alltså lite YT filmer som pedagogiskt går igenom vissa kapitel och kemiska fenomen?
Den här snubben är pedagogisk: http://www.freelance-teacher.com/videos.htm

Spinkis
2011-12-05, 20:18
Ser ut att kunna vara nått bra! Tack

Spinkis
2012-11-17, 13:34
Nu är det organisk kemi som gäller:

När man ska bestämma om ett stereogent kol är R eller S med RS-nomenklatur.

Vilken värderas högst av av följande(som sitter på det stereogena kolet):
H-C=O och H-C-OH-C-H=OH (alltså ett kol med OH-grupp där det i sin tur fäster ett kol med dubbelbundet O och ett H)

Jag har för mig att dubbelbindningen till O i första gruppen ska räknas 2 gånger(O,O,H) och då vara värderat högre än grupp nummer två som då har (O,C,H).

Hoppas ni förstår vad jag menar.

Sverker
2012-11-17, 14:29
Misstänkt likt en läxuppgift*grr*


Det där minns jag inte så bra. Aldehyden måste ha högre prioritet än alkoholgruppen.




H-C-OH-C-H=OH Du har tre bindningar till syret här:confused:

Spinkis
2012-11-17, 14:34
Misstänkt likt en läxuppgift*grr*


Det där minns jag inte så bra. Aldehyden måste ha högre prioritet än alkoholgruppen.




H-C-OH-C-H=OH Du har tre bindningar till syret här:confused:

Det är en övningstenta och jag fick fel svar, så inget läxfusk! :)

Nej det är bara jag som är värdelös på att skriva formler därför försökte jag förklara med ord efter! :P

såhär ser den ut och det är det stereogena kolet längst till vänster jag undrar över.
http://forumbilder.se/images/061720122391479c1.jpg

willtjam
2012-12-06, 09:34
Jag förstår inte ett dugg av den här frågan. Vad menar dom egentligen?

Vilken är a) [Cu^2+], b) NO3-] i en lösning med koncentrationen 0,15 mol/dm^3 Cu(NO3)2?

Menar dom vilken som är syra (a) och vilken som är bas (b)?

Halldin
2012-12-06, 09:51
Jag förstår inte ett dugg av den här frågan. Vad menar dom egentligen?

Vilken är a) [Cu^2+], b) NO3-] i en lösning med koncentrationen 0,15 mol/dm^3 Cu(NO3)2?

Menar dom vilken som är syra (a) och vilken som är bas (b)?

Dom frågar väl efter vad koncentrationen är, molaritet anges inom []

willtjam
2012-12-06, 11:47
Konstigt formulerat. Bokstäverna a och b framför känns lite onödiga då, tycker jag. Ser ut som alternativ.